Oliver Stone sinh năm 1946 tại thành phố New York. Ông có bố là một người Do Thái làm nghề chứng khoán còn mẹ là một người gốc Pháp.

Năm 14 tuổi, Stone được cha mẹ gửi vào học tại trường dự bị đại học danh tiếng The Hill School tại Pottstown, Pennsylvania. Sau khi tốt nghiệp trường này năm 1964, Stone vào học tại Đại học Yale nhưng nhanh chóng bỏ học chỉ một năm sau đó để trở thành giáo viên tiếng Anh tại miền Nam Việt Nam sáu tháng. Sau thời gian ở Việt Nam, Stone còn du hành qua Oregon và México trước khi quay trở lại trường Yale và lại bỏ học lần thứ hai.

Từ tháng 4 năm 1967 đến tháng 11 năm 1968 Stone phục vụ trong Quân đội Mỹ tham chiến tại Việt Nam. Yêu cầu được thực hiện nhiệm vụ chiến đấu trực tiếp, Stone được phiên chế vào Sư đoàn bộ binh số 25 và Sư đoàn kỵ binh bay số 1. Trong thời gian chiến đấu tại các đơn vị này, Stone đã hai lần bị thương và được tặng thưởng một số huân chương vì chiến đấu dũng cảm.